Jan Pokorný pracuje ve Skupině Komerční banky od roku 1991. Svou kariéru odstartoval na pobočce KB, následně se věnoval oblasti kapitálových trhů a poté působil v londýnském zastoupení KB, kde se zaměřil na investiční bankovnictví. Po svém návratu do ČR zastával pozici místopředsedy představenstva Investiční kapitálové společnosti Komerční banky a posléze byl jmenován ředitelem Distribuční sítě KB. Mezi lety 2006 a 2009 zastával pozici First Vice President pro střední a východní Evropu v SG Private Banking SA ve Švýcarsku. V letech 2010 až 2014 byl generálním ředitelem Modré pyramidy stavební spořitelny.